Shayne merupakan salah satu pemain naturalisasi hasil rekomendasi pelatih Timnas Indonesia, Shin Tae-yong. Shayne Pattynama mulai menjalani proses naturalisasi sejak akhir Mei 2022. Pada November 2022, permohonan naturalisasinya disetujui oleh Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) RI.

Kemudian pada awal Januari 2023, Menteri Pemuda dan Olahraga (Menpora), Zainudin Amali mengabarkan bahwa Presiden Republik Indonesia, Joko Widodo atau Jokowi telah menandatangani Keputusan Presiden (Keppres) perpindahan kewarganegaraan Shayne Pattynama.

Setelah ini, PSSI akan mengurus perpindahan asosiasi Shayne Pattynama di FIFA dari Belanda (KNVB) ke Indonesia (PSSI). Jika tahapan itu berjalan lancar, maka pemain berusia 24 tahun itu bisa memperkuat Timnas Indonesia pada FIFA Matchday periode 20 hingga 28 Maret 2023.